Налогоплательщик вправе вернуть средства, формирующие положительное сальдо ЕНС. Путем зачета можно распорядиться суммой денежных средств, формирующих положительное сальдо его ЕНС, следующим образом:

• в счет исполнения предстоящей обязанности по уплате конкретного налога;
• в счет исполнения обязанности другого лица по уплате налогов;
• в счет исполнения решений налоговых органов либо погашения задолженности, не учитываемой в совокупной обязанности в соответствии со статьей 11.3 НК РФ (суммы налогов, государственной пошлины, в отношении уплаты которой судом выдан исполнительный документ).

Зачет суммы положительного сальдо ЕНС осуществляется на основании заявления о распоряжении суммой денежных средств путем зачета (форма по КНД 1150057), которое необходимо представить в налоговый орган в электронном виде. Срок подачи такого заявления для зачета положительного сальдо ЕНС в общем случае не ограничен.

Для возврата положительного сальдо ЕНС налогоплательщику необходимо подать в налоговый орган по месту своего учета заявление о распоряжении путем возврата суммой денежных средств.

Возврат излишне взысканных денежных средств осуществляется на открытый счет налогоплательщика в банке, информация о котором имеется у налоговых органов. В случае отсутствия в налоговом органе информации о счете, указанном в заявлении о возврате, происходит автоматическое формирование запроса в банк, в результате срок возврата увеличивается на период получения соответствующей информации от банка.

Также физические лица имеют возможность подать заявление о возврате в составе налоговой декларации 3-НДФЛ. В данном случае поручение о возврате передается в казначейство на следующий рабочий день после завершения камеральной налоговой проверки (КНП). Если же заявление в составе декларации подано не было, то подать его можно только после завершения КНП.